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夜桜さんちの大作戦 12巻は、98～105話 + 番外編が収録されています。
銀級（シルバーランク）スパイ試験の難題をなんとかクリアした太陽は皮下に面会し「私を殺して」という夜桜つぼみの願いを伝える。しかし皮下にもまた過酷な運命が待ち受けていた。さらに六美達の父、夜桜百も動き出して…!?
| 著者 | 権平ひつじ |
| 発売日 | 2022/03/04 |
| 出版社 | 集英社 |
| 第98話 | 作戦98. 辛三兄ちゃん見守り隊 |
| 第99話 | 作戦99. ミニ凶一郎 |
| 第100話 | 作戦100. 父と子と |
| 第101話 | 作戦101. つぼみと百 |
| 第102話 | 作戦102. 新しい桜 |
| 第103話 | 作戦103. Dr.六美診療所 |
| 第104話 | 作戦104. 四怨のパソコン教室 |
| 第105話 | 作戦105. 六美ダイエット大作戦 |
| 番外編 | 番外編1:作戦100β. 夜桜さんちのアイさん |
| 番外編 | 番外編2:雪かき |
