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鋼の錬金術師 3巻は、9～12話 + 外伝が収録されています。
| 第9話 | 第9話 家族の待つ家 |
| 第10話 | 第10話 賢者の石 |
| 第11話 | 第11話 二人の守護者 |
| 第12話 | 第12話 「人間」の定義 |
| 外伝 | 外伝 軍部祭り |
故郷「リゼンブール」へ戻る途中、元国家錬金術師のドクター・マルコーと出会い、『賢者の石』に関する情報を入手したエドとアル。故郷で2人を待っていたのは、幼なじみで機械鎧（オートメイル）整備師のウィンリィ、そしてその祖母、スゴ腕の機械鎧整備師ピナコ・ロックベルだった。ひとときの休息ののち、2人は意を新たに、ドクター・マルコーが隠した『賢者の石』の秘密を求めて、国家の中枢「セントラル」へ向かう。そこで2人が知る驚愕の真実とは!? そしてついに、エンヴィーとラストがエドの前に姿を現す！
| 著者 | 荒川弘 |
| 発売日 | 2002/09/21 |
| 出版社 | スクウェア・エニックス |
